Mudir merupakan pimpinan Ma’had Al Jami’ah yang bertanggung jawab terhadap jalannya seluruh kegiatan yang ada di Ma’had. Memimpin pengelolaan serta mengawasi berjalannya program kerja dan kegiatan di Ma’had Al Jami’ah UIN Sumatera Utara. Dalam hal ini, mudir juga berperan untuk merencanakan program kerja, kegiatan, dan belajar mengajar di Ma’had.